日向咲是夕凪中学的初中二年级的学生，是充满活力的运动型女孩。在新学期时，以前同样住在这个小镇的美翔舞以插班生身份进入小咲所在的二年B班中。小舞与小咲两人又一次再次相见了。原来，9岁那年夏祭的晚上，两人在山丘上的大空之树下有着共同的不可思议的体验。有一天，天空突然出现黑云，两人像命运引导一样下，再次来到这棵大树下，与来自“泉之乡”的精灵弗拉比和巧比相遇，两人更变身成为传说中的战士“光之美少女”。为了夺回被毁灭之国“闇之深渊”趁机抢走了“世界树”和“7口泉水”，小咲和小舞两人努力对抗邪恶大王的邪恶力量。